Действието в Yu-Gi-Oh! GX се развива 10 години след това в Yu-Gi-Oh! Главният герой се казва Джейдън Юки и мечтата му е да стане следващият “Крал на Игрите”. За да осъществи тази своя мечта, той трябва да се присъедини към така наречената Duel Academy, което става след като победи в квалификационен дуел. Той побеждава и там се запознава с двамата си нови приятели - Сайръс и Чъмли.
Академията е разделена на три дома, всеки със собствен ръководител:
-Обелиск Синьо: там са най-силните, с учител Доктор Крaулър.
-Ра Жълто: средното ниво, учителят все още не се знае.
-Слайфър Червено: тук са най-слабите и новодошлите, които трябва да се докажат в дуел за да преминат по-нагоре. Учител - професор Баннер. Тези домове се разделят не само по успех в дуели, но и по лукс, както ще се убедите.
Освен приятели, Джейдън си намира и нови... да ги наречем неприятели, защото думата врагове е твърде силна за тях: Чаз Принстън - богаташко синче от Обелиск Синьо и Доктор Краулър - поради случилото се в първи епизод.
След известно време, Джейдън се доказва като дуелист и успява да си намери нови приятели: Алексис Роутз - Обелиск Синьо - брат й мистериозно изчезва, Бастиян Мисауа - Ра Жълто, има изключително странен начин за подбиране на декове, Зейн - Обелиск Синьо, считан за най-добрият в цялата академия и по-голям брат на Сайръс.
Истински интересните епизоди започват след 28-ми някъде, където директорът на академията вика при себе си най-добрите дуелисти на училището, за да им обясни, че света е в опаност. В подземието на академията се пазят 3 карти Демони(еквивалент на 3-те божествени карти от Yu-Gi-Oh!), и поверието гласи, че ако те видят бял свят, следва Армагедон. Появява се група, която се нарича The Shadow Raiders - целта и е да вземе картите и естествено “World Domination”. Но за да стигнат до картите, трябва да отворят седемте Спирит Гейтс, а това става като победят избраните от директора ученици и вземат техните Спирит Кий-ове (това може да стане само чрез дуел). И така Let the Duels Begin...